《阿凡达》的故事，发生在2154年。男主角叫杰克·萨利，但却是一个双腿瘫痪的前海军陆战队员。
杰克·萨利双腿瘫痪，整个人都非常颓废。他活的就像行尸走肉，生命好像失去了活着的意义。
这时有人突然来找他，告知自己双胞胎哥哥的死讯。而他为了完成哥哥的未尽事业，接受了被派遣去潘多拉星球采矿公司工作的安排。
潘多拉星球上有一种别的地方都没有的矿物元素unobtaniu难得素），能够吸引人类不远万里来到这里拓荒的原因就是unobtaniu彻底改变人类的能源产业。区区一公斤的难得素，就可以卖到两千万美金。
但是问题是，资源丰富的潘多拉星球并不适合人类生活。潘多拉的空气对人类很致命，它充满氨气、甲烷、氯气。如果不依赖别的设备，人类在这里根本无法生存。而且本土的动植物都是凶猛的掠食者，极度危险。
然而就是这样的环境却孕育出了一群独特的生物，纳美人。
纳美族不满人类拓荒者的到来，也不喜欢人类的机器在这个星球的土地上因为到处挖矿而留下的斑斑伤痕。
虽然潘多拉星球环境严酷，但人类只要带上空气过滤面罩，甚至可以裸露皮肤在潘多拉星球上作业。但是由于人类即使学会纳威语也无法和纳美人直接交流。
于是科学家们转向了克隆技术，提出了阿凡达计划。
人类以自身与纳美人的dna混血，通过基因工程培养出身高近三米的阿凡达，并以人类的思维控制。这个克隆纳美人可以让人类的意识进驻其中，成为人类在这个星球上自由活动的化身。
人类凭借阿凡达可以不知不觉中潜入潘多拉，并伺机采寻矿产或者与纳美人进行和谈。然而并不是任何人都可以操纵这个克隆纳美人，只有dna与他身上人类dna配型相符的人才有这样的能力。
几年后，杰克·萨利到了潘多拉星球，杰克·萨利继承了他哥哥遗留下来的阿凡达。实验开始后，他凭借操控克隆纳美人又能走路了。
杰克·萨利发现这里的美景简直无法用语言来形容，高达900英尺的参天巨树、星罗棋布飘浮在空中的群山、色彩斑斓充满奇特植物的茂密雨林、晚上各种动植物还会发出光，就如同梦中的奇幻花园。
不过很快他就体验到了这里的危险，一头死神兽与他狭路相逢，在逃命过程中杰克与队友失去了联系。
在晚上的时候又被一群土狼袭击，杰克奋起战斗，在整个战斗的过程中杰克寡不敌众危在旦夕，危急关头中一支箭射死了土狼，杰克得救了。救他的是纳美族的公主，杰克从她口中了解到了更多潘多拉星球的知识。
纳美族人一直以来都与潘多拉星球的其他物种和谐相处，过着一种简朴天然的生活，杰克在和这个纳美人女孩的相处过程中逐渐转变了对人类来这里采矿的看法，他意识到已经找到值得为之战斗的东西了。
不过杰克·萨利如果要加入纳美族对抗人类入侵者的战争，要付出很大的代价。
他不能永远呆在化身中，当化身——克隆纳美人睡觉时。他就会回到自己半身不遂的人类身体中，只有通过专门的连接设备才能重新回到化身中。一旦与自己的同胞为敌，他就失去了与化身结合的可能。
只能困在残疾的身体里，并失去那个他越来越喜欢的纳美人女孩。
最后，人类在利益的驱动下，派遣了战机去摧毁纳美族人所生存的家园树。尽管杰克等人一再争取希望可以不要那么做，但是采矿公司还是决意要去摧毁。
杰克与他们协商，自己去和纳美族交涉，让他们离开那颗大树，然而当他说明了一切之后，纳美族人都很愤怒，特别是杰克喜欢的那个纳美族女孩也是很愤怒，纳美族人就把杰克捆在了刑架上了。
采矿公司派遣的战机发现他们协商失败了。于是就下令开火，摧毁了他们前进的障碍——纳美人族人赖以生存的那棵巨树，纳美族人的老领袖也被炮火炸死。
没有了生存之地的纳美族人被迫暂居神树之下。而杰克等人的正义行为，因为和采矿公司的利益相冲而被关押。后来，杰克等人在退役军官的帮助下逃跑了。
杰克随后设法驯服了纳美人的神兽魅影，并到达了纳美族人暂居的神树下。呼吁纳美族人作出反抗，他终于又得到纳美族人的信任。
在他的呼吁下，他们联络了潘多拉星球上了其他民族的人，而且一起组建了一支几千人的反抗军，形成了陆空两路的防线。
采矿公司的军队也发现了纳美族人的反抗迹象，他们迅速派遣大量飞机和机甲，准备提前消灭纳美族人。于是，纳美族人的反抗联盟和采矿公司的军队了血战。
结果，纳美族反抗军最终打败了人类，而人类的军队指挥也被杀死。战后，纳美族的新领袖重伤，遂把族人交给杰克带领，杰克含泪接下重任并按领袖的要求杀死了他。
纳美族人在杰克的帮助下，将遣送采矿公司全部离开潘多拉星球